Nació el 19 de julio de 1800 en Puerto Cabello, Venezuela. Hijo de Juan José Aramburu, comerciante español, su madre fue Rita Flores, oriunda de Puerto Cabello.

Ingresó muy joven al ejército español donde inició como militar, pero, al poco tiempo cambió su decisión y decidió enlistarse a las fuerzas independentistas de Simón Bolívar el cual tenía como objetivo romper los lazos que unían a las colonias americanas con la metrópoli. Siendo aún muy joven participó en la guerra de la Independencia y cayó prisionero a los trece años. A los quince recibió ya el grado de alférez y participó en varias batallas, como las de Carabobo y Bomboná, las cuales le valieron ascensos por méritos de guerra. Llegó al grado de general de brigada en el propio campo de Tarqui, tras la famosa batalla del mismo nombre.

Gracias a sus capacidades notables, su heroicidad, lealtad y talento llegó a ocupar los puestos más destacados en la vida militar y política. Con 23 años de edad, ya ejercía como coronel y gobernador de la provincia de Pasto, situada al sur de la actual Colombia. En 1823 llega a Ecuador como comandante General del Ejército y en 1828 y 1829 tuvo una brillante participación en la defensa de los derechos territoriales del Distrito del Sur de la Gran Colombia, frente a las pretensiones del Perú. Contribuyó con su pericia militar al triunfo del mariscal Antonio José de Sucre sobre las tropas peruanas en la batalla del Portete de Tarqui, lo que le valió el ascenso al grado de General de División.

Primera presidencia

Pese a su habilidad política y a su tolerancia, Flores no pudo gobernar en paz y debió recurrir a la fuerza. Tuvo que sofocar la revolución del general venezolano Luis Urdaneta —sobrino del general Rafael Urdaneta— (1830-1831), hacer la guerra a Colombia (1832), castigar a sangre y fuego tres alzamientos de batallones hambreados y combatir a ideólogos utilitaristas (1833), hacer frente a Vicente Rocafuerte (1833-1834) y aplastar la Revolución de los Chihuahuas (1832-1834), y finalmente evitar que Loja, Cuenca, Esmeraldas y la Sierra nor-central se fueran con Colombia (1834-1835). El general Urdaneta, el del 9 de octubre de 1820 en Guayaquil, fiel a Bolívar, quería impedir la disolución de la Gran Colombia que presidía.

La muerte de Bolívar (17 de diciembre de 1830) lo dejó sin pretexto. El Cauca y Pasto pidieron anexarse a Ecuador y así se hizo. Colombia lo impidió. Flores fue derrotado y Ecuador perdió esos ricos territorios vinculados a la Audiencia de Quito desde el siglo XVI. Este fracaso, los privilegios de los mal vistos militares venezolanos y la afición floreana al dinero volvieron impopular al presidente. Un grupo de intelectuales compuesto por filósofos que defendían «la mayor felicidad posible para el mayor número de personas», por antiguos patriotas del 10 de agosto de 1809 y del 2 de agosto de 1810, por librepensadores y anticlericales, formó la «Sociedad de El Quiteño Libre». Desde mayo de 1833 esta sociedad se opuso con pasión al gobierno en el virulento periódico del mismo nombre. Vicente Rocafuerte, el más conspicuo miembro del Congreso, ídolo de los de «El Quiteño Libre», se opuso a las facultades extraordinarias concedidas a Flores. Con pasión desbordada atacaba al presidente. Renunció a su curul.

Destacaron en este período floreano la incorporación de las islas Galápagos al Ecuador (1832), algunas leyes sobre la moneda, acuerdos con la Iglesia Católica y la aceptación de la deuda externa grancolombiana (Deuda Inglesa) contraída por Venezuela, Colombia y Ecuador para financiar la independencia. A Ecuador, que por tanta convulsión no estuvo presente en las negociaciones del reparto de la deuda, le tocó cargar con el 21 y medio por ciento de ella, más de 22 millones de pesos. Los ingresos del gobierno en 1834 apenas llegaban a los 708 mil pesos. «Esa pequeña época fue la más bella página cívica de Flores como hombre de gobierno» (Benigno Malo).

Ya en el gobierno, Flores descuidó la consolidación de la nación, pero aseguró una suerte de pacto de no agresión entre grupos terratenientes de la sierra de Ecuador y grupos agro exportadores de la costa. Su presencia política por más de 15 años interrumpidos generó que un grupo de revolucionarios marcistas presionaran por su salida en Guayaquil y la de todo el estado mayor extranjero. Durante su gobierno, el 12 de febrero de 1832, fueron anexadas a Ecuador las Islas Galápagos, por esto, tiempo después una de las islas fue bautizada en su honor como Isla Floreana. Flores terminó su mandato con una crisis política y la amenaza de la disolución del naciente estado.

Segunda Presidencia

Flores fue elegido al primer escrutinio por 29 de los 38 votos del Congreso. Su reelección estuvo probablemente convenida desde el pacto con Rocafuerte en 1834. Flores ofreció al Congreso y a la Nación respetar la libertad de las personas y de la prensa, no desterrar a nadie, dar impulso a la política exterior, seguir la obra educativa de Rocafuerte y observar una conducta «franca y moderada, firme, imparcial y justa». Con esta oferta se enancaba en el éxito administrativo y civilizador de Rocafuerte y, a la vez, se apeaba de la mala fama del Rocafuerte implacable y duro.

El presidente cumplió con lo ofrecido. Benigno Malo, el más célebre de los estadistas cuencanos, dijo de este segundo período floreano: «Esa pequeña época fue la más bella página cívica de Flores como hombre de gobierno». Esta bella página, sin embargo, quedó inconclusa por la inconstancia de Flores y su desaforado amor al poder. Su imagen se empañó sobre todo en el último año de Gobierno, en el que olvidando sus promesas descuidó la obra pública y permitió el enriquecimiento ilícito de altos funcionarios. Un periódico opositor editado en Piura —»La Linterna Mágica», de Pedro Moncayo— circulaba en Quito.

El periodista fray Vicente Solano afirmaba que de 700 mil pesos de la renta nacional se gastaban 400 mil en mantener leal al Ejército y que «papá Flores haría lo que le pareciese» para perpetuarse en el poder. La intervención de Flores con dos mil soldados en la política interna de Nueva Granada contribuyó, a la larga, a este deterioro. Movido por una petición del gobierno colombiano, combatió una insurrección en Pasto. Creía Flores que en lo personal daría una lección al insurrecto general Obando, su antiguo enemigo e inveterado calumniador en lo del asesinato de Sucre. Se figuraba que en lo público recobraría, en parte al menos, los territorios perdidos en su primera administración e ingresarla a las arcas fiscales 300 mil pesos por compensación colombiana. Nueva Granada le había ofrecido todo esto en un pacto solemne. De esta manera restauraría el brillo de su imagen. Triunfó sobre Obando y fue premiado en Quito con un doctorado de honor; pero cuando tuvo que intervenir nuevamente en Pasto —y Colombia lo engañó (1843)—, la popularidad de Flores empezó a declinar. Como lo había insinuado Solano, so pretexto de «irregularidades» ocurridas en Cuenca para la elección de representantes y de que los del Guayas no concurrieron al Congreso Extraordinario a causa de la fiebre amarilla que en octubre de 1842 había cobrado 326 víctimas, Flores convocó una Convención para el 15 de enero de 1843 y expidió una ley de elecciones que venía a ser un golpe de Estado a su favor.

Tercera Presidencia

La Convención se reunió en Quito el 15 de enero de 1843. Treinta de los 36 convencionales rezaron en la catedral. La Asamblea sesionó en el Colegio San Buenaventura. Flores leyó su mensaje. La audiencia le era benévola, pues 32 de los representantes eran a la vez empleados del Estado, y cinco de ellos eran generales y otros cinco coroneles, todos ellos extranjeros menos uno. «Os propongo una reforma saludable, racional, ilustrada y conservadora de los principios liberales que hemos proclamado», les dijo Flores.

La reforma consistía, entre otros asuntos, en que el período presidencial durase ocho años y el presidente pudiera ser reelegido pasado un período; en que el Congreso se reuniera cada cuatro años, los senadores duraran 12 y los diputados, ocho años. La propuesta fue aceptada. Flores fue reelegido por 34 de los 36 votos de la sala. La nueva constitución fue calificada apasionadamente de «Carta de la Esclavitud», aunque contenía principios como la libertad de cultos en lo privado y a que cerraba el camino a la politización del clero. Era evidente, con todo, que Flores se creía providencial.

Su gobierno en este tercer período fue hacer lo posible por sostenerse en el mando contra una oposición que crecía sin descanso. Esta provenía del clero intolerante y ambicioso; de un nuevo impuesto general de tres pesos y cuatro reales, menos a indios y esclavos, calificado como «funesto, oneroso y terrible», pese a que fue levantado; de haberse resucitado el recuerdo del asesinato de Sucre y con él, el de la leyenda de la participación de Flores en ese crimen; del fracaso de la expedición a Nueva Granada; de una fallida negociación limítrofe con el Perú; de la omnipresencia y poder de los militares extranjeros —12 de los 15 generales lo eran—, de abusos de los dineros de un legado para el colegio Vicente León por parte de Flores, sus parientes y amigos; de la conspiración tiranicida de jóvenes intelectuales en Quito, entre ellos Gabriel García Moreno; y del «nacionalismo» de los notables guayaquileños, todo ello atizado por los 14 manifiestos «A la Nación», lanzados por Rocafuerte desde Lima entre 1843 y 1845.

El gobernador de Guayaquil, a causa de la fiebre amarilla, había llegado tarde a la Convención. Era representante por Cuenca. Rocafuerte se opuso a gran parte de la reforma propuesta por Flores. Indignado por ella, por la reelección de su aliado —desde 1834— y quizás porque la Convención no lo tuvo en cuenta para el cargo de presidente, tronó contra los convencionales fieles a Flores, a cuyo grupo más íntimo calificó de «jenízaros», esto es, hijos de padres de diversa nación y soldados de infantería de la antigua guardia del emperador de los turcos, y se exilió en Lima. Esos manifiestos llamaban a insurrección en nombre del nacionalismo: «Unión, entusiasmo, valor constancia y pronto el triunfo será vuestro. Derrocando al pérfido tirano de Venezuela, os volverá el goce de vuestros usurpados derechos…», decía en el quinto de ellos. «Y los acontecimientos se precipitaron a la voz atronadora de Rocafuerte», escribe el historiador Luis Robalino Dávila. A las asonadas populares en diversos lugares de la Sierra al grito de «¡Mueran los tres pesos!, ¡Viva la religión!», sucedió el golpe definitivo: el pronunciamiento militar nacionalista y de los notables de Guayaquil, secundados por el pueblo el 6 de marzo de 1845.

Los sublevados formaron un gobierno provisorio al que se adhirieron Manabí y Cuenca. Flores resistió hasta junio con sus tropas acantonadas en la «La Elvira», hacienda de su propiedad, y capituló ante ese gobierno mediante un tratado, llamado «de La Virginia», hacienda del poeta Olmedo, donde se lo firmó el 17 de junio de 1845. Así, con un pacto de caballeros terminaba el primer intento de un proyecto estatal diseñado por Flores y Rocafuerte, quienes de algún modo demostraron «una consciente habilidad conciliadora de los intereses dominantes», como afirma la socióloga Silvia Vega Ugalde al analizar la crisis del Estado en los primeros 15 años de la República.

Intento de instaurar la monarquía española otra vez

Después de ser obligado a renunciar al poder tras el alzamiento antifloreano de Guayaquil en marzo de 1845, conocido en la historia como movimiento marcista, por el mes en que se produjo. Flores aceptó su retiro con la condición de que se le respetaran sus honores y propiedades. Luego viajó a Europa y, enterado de que una nueva Convención había desconocido los acuerdos pactados a su favor en Virginia, comenzó a tramar una invasión armada a Ecuador, para lo cual pidió ayuda a varios gobiernos europeos.

En Madrid propuso a la reina María Cristina de Borbón instaurar la monarquía en Ecuador, e incluso consiguió un préstamo de un millón quinientos mil duros para tal empresa. Descubierto el plan, varios gobiernos americanos lo hicieron fracasar. De vuelta a América, viajó por diversos países, para regresar en 1857 a su tierra natal, Venezuela, donde renunció a su ciudadanía ecuatoriana y entró en el escalafón militar.

Muerte

Al año siguiente volvió al Ecuador invitado por su antiguo enemigo, Gabriel García Moreno, para que dirigiera las tropas contra el general Guillermo Franco, que era apoyado por el mariscal peruano Ramón Castilla al sur del Ecuador. Fue así como García Moreno pudo volver al poder en 1860 y devolver a Flores sus bienes y su rango militar. Pero en 1864, herido en una acción militar también en favor de García Moreno, falleció el primero de octubre en pleno golfo de Guayaquil. Sus restos fueron trasladados a Quito, donde reposan en la catedral Metropolitana, en un elegante mausoleo de mármol de Carrara.

Durante sus gobiernos, Juan José Flores logró mantener un cierto orden, aunque con dificultades; intentó, sin éxito, anexionar al Ecuador el sur de Colombia, y consiguió la anexión definitiva de las islas Galápagos. Representante del conservadurismo a ultranza, le sobrepasó la responsabilidad de dirigir a un país que sufría las consecuencias socioeconómicas de una independencia recién estrenada. Creó un partido poderoso y tuvo muchos seguidores, pero también muchos enemigos; servicial y generoso con quienes deseaba atraer a su causa, no se detenía ante la intriga para combatir a sus enemigos; incluso no faltaron quienes lo acusaran de intervenir en el asesinato del mariscal Antonio José de Sucre.

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