En diciembre, al ser aprobada por el Congreso la Constitución Federal, este mismo cuerpo dictó disposiciones para su aprobación por las asambleas provinciales y para la elección de un nuevo Poder Ejecutivo compuesto también de 3 miembros. Entre tanto, el que venía existiendo desde marzo de 1811 continuó activo durante los primeros meses de 1812. Como el Congreso había acordado trasladarse a la ciudad de Valencia (que quedaba convertida en capital de Venezuela en lugar de Caracas), el Poder Ejecutivo manifestó en varias oportunidades, en enero y febrero de 1812, su negativa a establecerse en dicha ciudad, lo cual suscitó una controversia entre los 2 poderes. Finalmente, el Congreso se trasladó a Valencia, donde reanudó sus sesiones el 16 de marzo de 1812. Pero de los miembros del Triunvirato sólo Mendoza viajó desde Caracas a la nueva capital. De todos modos, realizadas la elecciones en las provincias, el Congreso escogió el 21 de marzo entre las 9 personas que habían recibido el mayor número de sufragios a los integrantes del nuevo Poder Ejecutivo. Fueron éstos Fernando Rodríguez del Toro, Francisco Javier Ustáriz y Francisco Espejo; como suplente quedó Francisco Javier Mayz. Las dificultades creadas por el terremoto del 26 de marzo de 1812 y la crisis político-militar abierta por el avance de las fuerzas realistas al mando de Domingo de Monteverde, hicieron prácticamente nula la actuación de este segundo Triunvirato. Ni Toro ni Ustáriz llegaron a ir a Valencia, y no fue sino el 3 de abril cuando Francisco Espejo pudo presentarse en esa ciudad y juramentarse junto con el suplente Mayz (que era diputado) para dejar constituido el Triunvirato con sólo 2 de sus miembros. El día 4, el Congreso acordó conferir al Poder Ejecutivo de la Confederación facultades extraordinarias, y se puso en receso el 6 de abril de 1812. El 23 de ese mes el Poder Ejecutivo, mediante una comunicación del secretario de Guerra y Marina, José de Sata y Bussy, nombró a Miranda generalísimo de las Fuerzas Armadas de la Confederación «…con absolutas facultades (…) para salvar nuestro territorio invadido por los enemigos de la libertad…», según se le decía. Miranda aceptó. El Poder Ejecutivo se estableció en La Victoria. Fernando Rodríguez del Toro, quien aún se resentía de la herida recibida en la batalla de Valencia en julio de 1811, se separó del Triunvirato, y fue sustituido por Juan Germán Roscio. El 19 de mayo se celebró en la hacienda de la Trinidad de Tapatapa, en Maracay, una conferencia a la cual asistieron, además del generalísimo Miranda, el letrado Roscio, representante del Ejecutivo Federal, Francisco Talavera, del Ejecutivo de la provincia de Caracas, y José Vicente Mercader por la Cámara de Representantes de la misma provincia. Miranda, escribe Parra Pérez, «…recibió expresamente y además de todas las facultades delegadas por el Congreso al Ejecutivo Federal, la de tratar directamente con las naciones extranjeras y de América…» El Triunvirato cesó en sus funciones, pero Roscio y Espejo permanecieron como consejeros al lado de Miranda, quien asumió ese día el gobierno de la Confederación de Venezuela.
